在浩如煙海的佛教文化中，孕育著具有佛教象征意義和靈性的東西。佛教與花木有緣，把銀杏尊為“圣果”、“圣樹”，借銀杏崇高圣潔的神秘色彩擴大佛教的影響力。因為佛祖坐在畢缽羅樹下成道的緣故，所有的畢缽羅樹都叫做菩提樹，被佛門弟子在寺廟中廣為種植，視為“佛門圣樹”。而菩提樹是熱帶亞熱帶的常綠植物，在溫帶和北方寒冷地區很難生長，所以中國古代的高僧慧眼獨具，選用銀杏等樹種代替菩提樹。銀杏樹體高大雄偉，最宜襯托寺院寶殿的壯觀，其葉素雅潔凈，有不受風塵干擾的宗教寓意。此外，銀杏木質軟硬適中，紋理細密，佛家用其雕刻千手觀音，栩栩如生，尤其佛像指甲微薄如真，故銀杏又名“佛指甲”。湖北大洪山、四川峨眉山等佛教圣地享譽海內外，山中銀杏遮天蔽日，巍峨高聳，挺立在寺廟中或其附近， 無聲地證明著佛教與銀杏的淵源。

佛教在銀杏的傳播中起到了重要作用，也為銀杏的保護作出了積極的貢獻。佛教理念認為萬物皆有靈光，主張普渡眾生，這有助于維護大自然的生態平衡。清康熙19年戰亂，浙江天目山包括銀杏在內的林木遭受戰火，貪利之徒欲趁機砍伐，玉琳國師出面力加阻止。當代科學家、中國科學院院士陽含熙題詩云：“幾經劫灰與洪荒，世稀珍禾此山藏。多謝山僧勤扶持，世界園林大增光”。