在中侏羅紀到白堊紀長達一億多年的時期內，銀杏演化史一直因缺少繁殖器官化石材料而缺乏實證。周志炎院士和鄭少林研究員根據遼寧義縣早白堊紀(距今1.2億年)地層中發現的銀杏種子印痕化石，將其分為兩個類型，一類是與現代生存銀杏更為接近的無柄銀杏(Ginkgo apodes)，另一類是比侏羅紀義馬銀杏進化，但較無柄銀杏略微原始的銀杏。在早白堊紀以前地層中發現的銀杏繁殖器官化石，都具有珠柄和多個種子，葉片通常分裂較深，而新生代和現代生存銀杏成熟時，正常情況下只有一個種子，并且都不具珠柄，葉片全緣。無柄銀杏正是這一關鍵時期的“過渡類型”。它在葉的形態和種子數量上還保存著古老銀杏的特征，但在繁殖器官的形態上很接近于新生代——現生銀杏。這一發現表明，在一億兩千萬年以來的漫長歲月里，銀杏屬演化已趨于緩慢，處于演化史上的遲滯階段。無柄銀杏的發現填補了侏羅紀義馬銀杏和現生銀杏之間一段演化上的空白，充分證明了銀杏屬內胚珠器官退縮和最終消失、胚珠體積不斷增加和數量相應減少這一演變過程，也為人們一直推測的銀杏類植物以退縮為主的演化趨勢提供了充分的佐證。十分有意義的是，這樣的演化過程和人們早已推斷的現生銀杏個體發育過程是相符合的。義馬銀杏和一些早期的銀杏的葉片與現生銀杏新枝、樹苗上的葉片外形相似，并且它們具有珠柄和多胚珠的胚珠器官就像是放大了的現生銀杏幼小未成熟的胚珠器官。解剖構造研究表明。，具有維管束的銀杏葉，其個體發育過程也和已經證實的銀杏類植物的葉在地質時期中融化、蹼化的系統發育過程全然吻合。這種典型的演化遲滯和個體發育“重演”系統發育過程的實例，是生物學家和進化論學者十分重視的科學現象。泄露這種自然界奧秘的，正是我們珍愛的“活化石”銀杏。

恩格斯在《自然辯證法》一書中指出:“一切對立都經過中間環節而互相過渡?！便y杏擁有漫長的演化過程，正可視為探索植物進化過程的中間環節，無怪乎它能在分類學上占據一個特別的位置。

從發生學上看，銀杏是陸生的裸子植物，但其雄花小孢子葉具有分離而下垂的花粉束，尤其是每個花粉粒萌發為花粉管后，前端破裂產生兩個螺旋狀具有許多纖毛且能流動的精子。這與蕨類植物和蘇鐵類植物的原始性狀相類似，也是其他裸子植物所不具備的特征。銀杏種子有三層種皮，即肉質外種皮、骨質中種皮和膜質內種皮，這與蘇鐵類植物相同，而大多數裸子植物并無這種結構?？梢?，銀杏和蕨類植物及蘇鐵類植物有著密切的親緣關系。

從形態上看，銀杏具有二出分歧式葉脈，這與蕨類、蘇鐵類植物和原始的種子植物——種子蕨的原始性狀頗為類似，而其他裸子植物均無此特征。

從解剖學上看，銀杏具有宿存形成層的初生外韌維管束，能形成一般的生長輪，這與其他裸子植物頗為類似;其髓部和皮層中存有很多的分泌道，尤其多見于髓部，這與蘇鐵類相似，卻與其他裸子植物大相徑庭。

既非此即彼，又亦此亦彼，銀杏還有許多耐人尋味的問題，等待人們去深入探索。