從廣義上講種質資源研究內容包括:①基礎研究:植物學性狀、分類學、生理生化、細胞遺傳學、生態學及地理分布等方面的基礎研究。②經濟生物學性狀研究:豐產性研究、種實品質研究、越冬性研究、生育期研究等。③核型分析。④染色體顯帶。⑤同功酶分析。⑥種質資源評價等諸多方面。

    邢世巖、吳德軍等(2000)從收集的48個全國核用品種發現，馬鈴類共18種，占37.5%,梅核類15種，占31.3%;長子類1種，占2.1%;佛指類10種，占20.8%;圓子類2種，占4.2%?？梢?，我國核用銀杏馬鈴類最多、其次為梅核、佛指類和圓子類，而長子類較少。此外，還有一些奇特的種類。馬鈴類、梅核又可分為大、中、小三類。作為劃分銀杏核用品種最主要的形態特征是種核類型、種核側棱、背腹形狀及是否有麻點。

    江蘇邳州市銀杏科學研究所，自1989年建立銀杏種質資源圃以來，從國內外共收集、嫁接92個品種類型，為了解這些品種在個體生長發育所表現出的規律，對其中1998年以前各年度收集嫁接的74個品種的干粗、樹高、冠幅等生長進行測定，從測定的數據顯示，胸徑生長量較大的有‘鐵馬4號’、‘泰興4號’、‘都城馬鈴1號’、‘鴨屁股’、‘盤縣大白果’等;高生長較大的有‘泰興4號’、‘湖北1~4號’、‘吳縣小圓子’等，另從分年度收集嫁接的生長相比較，雖然砧木年齡相同，但是，早收集嫁接要比晚收嫁接的生長量大。進入20世紀90年代末、21世紀初，國內外銀杏種實分子水平研究及良種數量遺傳分析，不斷深化，并取得較大進展。邢世巖等(2001)首次在《園藝學報》上報道了我國銀杏50個核用品種種子數量性狀遺傳分析及多性狀選擇(山東省科委銀杏核用品種選育資助)，湖南省安化縣林業局，結合湖南省“九五”科技攻關項目“銀杏優良種源、家系、無性系配合選擇研究”發表了《我國銀杏遺傳變異研究之一——種核性狀的群體間和種群間差異》。表明，遺傳改良以在遺傳變異豐富的群體內開展基因型選擇最有前途。北京大學藥學院的劉淑倩等(2001)通過銀杏不同變異類型的RAPD指紋圖譜分析證明，24個雌株和4個雄株類型分析表明，供試品種間遺傳多樣性水平較低，遺傳相關較近。結論是，開發銀杏種質資源時，首先任務是擴大銀杏的自然變異率，并在此基礎上，通過無性系選擇方式，選育藥用銀杏新品種。陜西省西北林學院的畢春俠等(1998)通過對10個品種的過氧化物同工酶酶譜分析表明，發現不同品種的銀杏在酶帶及Rf值上存有差異，按酶帶類型將10個品種分成4類。河南農業大學的蘇金東等(1999)對我國42個品種13個性狀的模糊聚類發現，可以分成5類。分類結果證明，同一類群并非與形態分類相符，即同一類群可能包括佛指類和馬鈴類。王建等(2000)證明，就銀杏枝、花、種子在樹冠上的分布格局來看，種子主要分布在距地面1.8~3.2m的冠層內，占總種量的51.3%。韓國的金守仁(1995)也對不同品種的染色體、核型進行分析，并發現不同品種存有較大差異。安徽農業大學的胡蕙露(1998)進行N+離子注入銀杏誘變相關育種效應的研究，結果表明，低能N+離子注入引起銀杏形態特征的變化:芽萌動時間提前，展葉率增加，成活率改善，開花數和開花枝增多，新梢伸長長度增加，結果明顯提前，離子注入引起銀杏有效成分黃酮含量與對照有顯著差異。1992年，Weigel等指出LEAFr是一個花分生組織特征基因，LEAFr基因的大量表達可促進植物提早開花。浙江農業大學的張建業等(2002)對銀杏LEAFr同源基因進行了成功分離和克隆，并比較了銀杏雌雄株LEAFr基因的異同，為通過轉LEAFr基因來培育童期較短的銀杏良種奠定了基礎。北京林業大學陸海、王沙生等(2001)利用PCR方法成功地從木本植物銀杏基因組總DNA中擴增克隆得到本質部細胞特異性表達的富甘氨酸蛋白質基因(GRPl.8)的啟動子，并克隆到pUC18載體中，與菜豆的序列比較發現，堿基同源性高達98%以上，除發現啟動子特有的TATAbox序列外，還發現在菜豆序列中所沒有的GATAG堿基序列。該序列已在GenBank注冊。陳鵬等對江蘇4個優株種實產量及營養指標進行了詳細分析。