銀杏系長壽樹種，根系隨年齡而不斷延伸，因此銀杏的年齡愈大銀杏的根系越龐雜，觀察研究也就越困難，所以銀杏根系方面的研究至今報道不多，即便有些報道，也多偏重于銀杏幼樹的觀察。

銀杏的1年生播種苗，主根粗壯，側根細短，主根長可達30-40cm，側根長可達20cm,

水平或斜下伸展，根皮一般呈黃褐色，根尖白色。門秀元( 1981)曾對銀杏大樹的根系作過觀察，觀察的結果為:50年生的銀杏，主根深1.5m，水平根長13.lm。 1000年生大樹，主根未測，水平根長21.5m，銀杏大樹的樹齡越大，生側根的發育情況越難測定。有些銀杏大樹，由于近地面處主側根部分可以出露于地表之上，因而有時也可輕而易舉地進行觀察。如江蘇省如皋縣九華山銀杏（雄）高30m，胸徑2.21m，枝展15-20m，側根可見部分長達37m，山東省郯城縣官竹寺銀杏老神樹（雄）高29.5m，胸徑2.24m，枝展20m，側根可見部分達18m。山東省諸城縣靈芝鎮寨里村有一70年生銀杏樹，高18m，胸徑39cm，枝展8.lm，原栽于流沙崗上，風吹砂移使根系出露于地表之上，其最長的側根達20m。各地群眾對銀杏側根的伸長距離也有許許多多的觀察，大多認為，大樹銀杏的側根伸長很遠，古老銀杏的側根向外延伸可達400 --500m。另外，銀杏的根系有連生現象。如山東省諸城縣靈芝鎮寨里村有一銀杏（雄）高22.6m，胸徑1.13 m，枝展16.25m，距樹的中心位置10m，地面下約1m的地方，有2支側根交叉愈合，愈合處的粗徑達9.6cm，愈合甚牢，不能分開（郭善基 1984）。

山東省郯城縣港上鄉王喬村的銀杏，在苗木移栽定植之后，常自主根基部發出肉質粗根數條，形似椅腿，當地群眾稱“椅子根”。據王喬村農民王維杰觀察，移栽定植后的銀杏只有在“椅子根”出現時，苗木才會轉旺生長。經切片觀察， “椅子根”中含有較多的大顆粒狀淀粉粒，似為銀杏的營養貯藏器官，但其機制情況仍有待于深入研究。