銀杏的雄花或雌花均著生于短枝枝頂，且均自葉腋間伸出。這與毛狀葉屬(Tricho pitys)胚珠的著生位置基本相似。但也有人認為銀杏的花并不著生于短枝枝頂的葉腋（何風仁 1989）。

銀杏的雄花呈葇荑花序狀，但實際上僅為一花而非花序?；o花萼也無花瓣，只有多數雄蕊，每雄花蕊具一短柄，上載一對長形小花粉囊（偶見3-4花粉囊者），每花粉囊含有1.5-1.9萬個花粉粒。雄花綠色與葉色一致，加之樹體高大不易觀察。故在中國的一些古文獻中有“二更開，旋落，人不得見”的誤解。銀杏花粉的發育，就目前所知，最初僅為一圓形細胞，細胞中含有稠密的原生質和單核，并被以薄的內壁和較厚的外壁，經過三次分裂產生精于器細胞和粉管細胞，然后花粉自花粉囊中散出。銀杏花粉囊和花粉中，據分析主要含有亮氨酸、羧脯氨酸、胱氨酸和組氨酸等多種游離氨基酸，但花粉囊中游離氮基酸的種類較多，含量也較高，而花粉中相對較少較低（朱家駿1982）。另據分析，銀杏雄花中尚含有棉子糖的成分（《中藥大辭典》 1977）

銀杏的雌花，具一長柄，上載一對胚珠(偶見達14 -15個)。胚珠具有較厚的珠被，珠心則具一顯著的喙，喙中央的組織提前消失而成穴狀。當珠孔中滲出水珠時，表明此時可以開始授粉。這種水珠群眾稱為“授粉滴”或“性水”。

銀杏的花期，由于緯度、海拔、每年氣溫的變化等等因素的影響，并不十分固定。根據各地銀杏物候期的統計資料，最早的始花期為3月30日，最晚的始花期為4月25日。前后相差可達25天。但一般在4月上旬至4月中旬的這段時間之內。按農歷節氣約在“清明”至“谷雨”節期間，人工授粉采集花穗時應隨時注意這一期間的雄花發育狀況。一般說來， 在同一地點，雄花的花期略早于雌花2-3天。從始花至末花大體持續10天左右，銀杏花粉的壽命，在普通條件下約為兩周。但有人試驗在5℃下用氯化鈣保存，生命力可延至2年（張益清 1986）。

根據楊傳友1990-1991年的觀察，山東蔡安的銀杏雄花始花期，在海拔200m處的王母池為15/4，海拔450m處的斗母宮為22/4，相差約一周左右。據馬建華等( 1984)在郯城的調查了解，實生銀杏雌株的芽開放時間較嫁接銀杏約晚4一5天。

觀察證明，銀杏的胚珠在授粉之后并不立即受精。從授粉到受精相距約4-5個月，即4月份授粉，8月份或8月份之后才開始受精。由于受精時間過短，因此當銀杏球果表現形態成熟之后，此時尚難以看到胚芽。有人根據這一現象認為銀杏近似于孢子植物的繁殖性狀，把銀杏形容為卵生植物，但是這一現象并非全部銀杏所具有，有許多品種（如龍眼）在形態成熟之時胚芽已長達4-5mm（郭善基 1990）。

銀杏胚珠中的原葉體部分，受精與不受精均發育為胚乳，胚乳為老一代的配子體，這與被子植物的胚乳發育有根本的不同（被子植物的婭乳是受精作用后的三倍體或多倍體）。因此，在銀杏種子中即使授粉或受精不良也能形成種子，但是這類種子只有豐滿的胚乳而無胚芽。此類種子群眾稱作“浮果”、“空頭果”或“觀音果”。根據一些試驗，銀杏種子中的“浮果”約占10%。

在銀杏胚胎發育方面，中外學者有較多的研究，中國的王伏雄( 1963-1983)、李正理( 1959)等均曾育專題試驗和綜合論述，為我國銀杏胚眙發育研究的不斷深入奠定了良好的基礎。